就像错误的配料会破坏蛋糕一样,错误的配料也会破坏生物医学研究的结果。不同之处在于后者涉及多年的工作,财务和个人投资以及承诺。

悉尼大学的癌症研究员詹妮弗·拜恩教授希望通过创建世界上第一个事实检查程序来改变这一现状,该程序可以解决有意或无意发表的生物医学研究结果错误的问题。

在论文发表在PLOS ONE,伯恩教授和格勒诺布尔阿尔卑斯大学的同事西里尔·拉韦博士(法国)细节“寻求Blastn比&”,他们已经开发并免费提供给研究人员的事实查证计算机程序。

该程序通过在论文中查找序列,并通过一个拥有迄今为止有关基因的丰富知识的数据库运行这些序列,来验证已发布的核苷酸序列试剂(用于靶向基因的DNA和RNA构造)的身份。

“生物医学试剂就像烹饪中的成分。您可以使用它们来发现实验结果。用错误的试剂进行实验要么意味着您所烹饪的东西与您认为的东西不同,要么烹饪失败。”悉尼医学院医学肿瘤学教授拜恩说。

“不幸的是,通过实验,失败并不总是像在厨房那样明显。在这里,我们正在从事基础遗传研究,其他研究人员正在将这些失败作为自己工作的基础。”

在一组155篇研究论文中,新的事实检查器与手动分析相结合,发现25%的论文有序列错误。研究人员正在对一组可疑的论文进行测试,因此尽管该数字并未反映出基线错误率,但数字仍然令人吃惊。

伯恩教授说:“在一小组论文中,有很多错误的序列,而且不幸的是,鉴于核苷酸序列试剂已经在成千上万的生物医学出版物中进行了描述,将会有更多的错误序列。”

研究人员发现,错误既代表身份错误(完全不正确的序列)又代表印刷错误(包含与拼写错误相当的序列)。作者提出,序列同一性错误可能代表研究欺诈的一个特殊标志,并且可以用于识别欺诈性论文和手稿。

“我们的希望是,像Seek&Blastn这样的工具可以前瞻性地阻止描述不正确核苷酸序列试剂的出版物,并可能标记现有出版物,以便可以对它们的结论进行重新评估,” Byrne教授说。

发现的错误包括:

序列试剂原本应该靶向特定基因,但实际上被预测靶向与出版物中所述基因不同的基因,从而导致获得的数据与正在研究的系统无关。

序列试剂不应该靶向任何基因(作为阴性对照),而是被预测靶向人类基因,这意味着研究人员没有将实验数据与合适的阴性对照进行比较。

本来可以针对人类基因的测序试剂,实际上似乎并没有针对任何基因,这可能导致实验无法正常进行,但研究人员并未意识到。

伯恩教授被《自然》杂志评为2017年十大研究人员之一,她的侦探工作发现了科学期刊上发表的欺诈性结果,因此广为人知。

到目前为止,她的工作已经撤回了17篇文章,但她说,过程缓慢而艰巨,缺乏期刊的回应令人沮丧。

她在上个月《自然》杂志的一篇社论中写道:“这类论文声称揭示了一系列癌症和罕见疾病背后的机制。他们可能会破坏识别容易测量的生物标记物的努力,以用于预测疾病的结果或药物是否有效。

“我们创造了我们应得的文学。我们必须采取行动,应对对有效科学的这种未被充分认识的威胁。”